プロポリスを採取するには、プロポリスが巣箱の内壁に堅く付着していることから、原塊（げんかい）からエキスを抽出します。抽出法により、取り出せる成分が異なります。
95％～100％エタノール（エチルアルコール）により抽出する方法です。フラボノイドやテルペノイドが効率的に抽出できます。抽出エキスの濾過（ろか）や乾燥が容易であることから、広く採用されている方法です。
60％～80％程度のエタノール溶液により抽出する方法です。フラボノイドやテルペノイドのほか、ケイ皮酸やカフェ酸などの有機酸も効率的に抽出できます。
純水（純度の高い水）により抽出する方法です。多糖類やタンパク質（アミノ酸）などの親水性成分を抽出できます。フラボノイドやテルペノイドなどの脂溶性成分は抽出できません。
乳化剤やグリセリン等を含む溶液で抽出する方法です。多糖類やタンパク質（アミノ酸）などの親水性成分を抽出できます。フラボノイドやテルペノイドも抽出できますが、溶液により抽出量に幅が出ます。
高圧下の超臨界状態で励起された二酸化炭素により抽出する方法です。テルペノイドが効率的に抽出できます。フラボノイドも抽出できますが、少量になります。
抽出工程の後に、純度・濃度を調整するために、別途濃縮工程を設けているメーカーもあります。この製法に、メーカー独自のノウハウが詰まっているようです。
プロポリスの鮮度は、原塊の色・可塑性・有用成分量によって分類することができるそうです。
収穫時期や採取後の保存状態が良くなければ、酸化により変色や有用成分の分解などの品質劣化が生じます。原料の選定、採取後の温度管理・湿度管理、巣箱の位置・向きや採取期間など、こだわりの度合いにより、メーカーごとに違いがでてくるでしょう。
さらに、品質向上のため、抽出作業の前に手作業でゴミを取る「不純物の除去」を実践しているメーカーもあります。